Sejarah Desa Musir Lor tidak terlepas dari sejarah Masyarakat di Kabupaten Nganjuk. Menurut cerita para pinisepuh nama Musir berasal dari Temu (Semacam tumbuhan Empon-Empon) dan Gangsir (Semacam Binatang seperti Jangkrik tapi besar) dan pemberi nama Musir adalah seorang prajurit pelarian perang dari Kadipaten Pati-Jawa Tengah yang bernama Cokro Negoro yang sekaligus merupakan cikal bakal adanya Desa Musir Lor dan kemudian dilanjutkan oleh keturunannya yang bernama Kromo Sentiko yang berakhir masa jabatanya sekitar tahun 1900 M. Kemudian mulai saat itu Desa Musir Lor dipimpin oleh seorang Kepala Desa. Adapun kepala desa yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut; Kromo Sentiko. (berakhir masa jabatannya tahun 1900), Mangoen Karto (tahun 1900 s.d 1952), Mangoen Wijoyo (tahun 1952 s/d 1973), Kamijan Adi Santoso (tahun 1973 s/d 1990), Gatot Suwito (tahun 1990 s/d 1998), Sutomo (tahun 1998 s/d 2007), Ismani (tahun 2007 s/d 2013), H.Sumadji (2013 s/d 2019), kemudian di jabat lagi oleh Ismani (2019 s/d sekarang. Desa Musir Lor sendiri terbagi menjadi tiga Dusun yaitu Musir Lor, Semanding dan Ngrapah yang masing-masing dipimpin oleh seorang Kamituwo.